・ストーリーモードは、各ストーリーには原作キャラクター達がライバルとして登場します。原作キャラのライバル達とレースを行い、勝利していくことがストーリーモードの目的です。
また、このゲームの特徴の１つでもあるチューニング（ステップアップ）が行えるのがストーリーモードの特徴です。

・ストーリーモードではまず敵のレベルを選びます、レベルを選ぶとそのレベルに設定されたライバルの中から対戦相手を選びます。制限時間内であれば自由にレベルとライバルを選ぶことができます。

・ライバルとなる原作キャラより先にフィニッシュラインを通過すると勝利、先にフィニッシュラインを通過されると負け、残り時間が０になるとタイムアップになります。

・ストーリーによっては１対１、もしくは１対複数のレースになることがあります。

ストーリーモード流れは以下の通りです。

第１話～第１０話　悪魔のＺ復活編

湾岸ミッドナイト原作コミックの１～３巻をモチーフにしたお話です。
「アキオ」「レイナ」「ブラックバード」「イシダ」などのキャラクター同士の出会いや悪魔のＺの生い立ちについてのお話になります。

第１１話～第１５話　とびきりのＧＴ－Ｒ編

湾岸ミッドナイトの原作コミック３～５巻をモチーフにしたお話です。
平本、原田が登場する超高速湾岸線でのレースが楽しめます。

第１６話～第２０話 赤坂ストレート編

湾岸ミッドナイトの原作コミック５～８巻をモチーフにしたお話です。
かつての首都高ランナー「マサキ」とのレースになります。速度の乗らないＣ１内回りで３００ｋｍ／ｈは達成されるのか・・・？

第２１話～第３０話 モンスターマシン編

湾岸ミッドナイトの原作コミック８～１３巻をモチーフにしたお話です。
「相沢圭一郎」の乗るスープラに熱い情熱を注ぐおやじチューナー達の熱い走り（語り）にも注目です。

第３１話～第４０話　Ｒ２００クラブ編

湾岸ミッドナイトの原作コミック１３～１６巻をモチーフにしたお話です。
「Ｒ２００ＣＬＵＢ」メンバーとのレース、「黒木」の３３Ｒに対する情熱を堪能することができます。

第４１話～第５０話 阪神高速環状編

湾岸ミッドナイトの原作コミック１６～２０巻をモチーフにしたお話です。
大阪の走り屋、「神谷エイジ」のランサーエボリューションとのレースが楽しめます。阪神高速環状でのレースも必見です。

第５１話～第６０話 幻のＦＣ編

湾岸ミッドナイトの原作コミック２０～２４巻をモチーフにしたお話です。
旧世代の車と言われるＦＣ３Ｓ型ＲＸ－７にひときわこだわりを見せる「城島（キジマ）」とのレースを楽しめます。